紋章兵器研究所
通过アームロック这里的封印之门，众人来到紋章兵器研究所。跟着ナール进入研究室，跟ナール对话。在这里了解到了レナ出生的秘密，并得到アクセスコード，由此就掌握了制作能够打倒十贤者的武器的技术。レナ跑到外面，クロード马上跟了过去，然后发生游戏中最棒的一段剧情，背景音乐非常到位，感动啊~之后得到データチップ。

アームロック
回到アームロック，去ミラージュ博士家拜托博士制作武器，但是缺少原材料レアメタル。从ナール处得到ミーネ洞窟の键，然后就去西边的ミーネ洞窟采集原料吧。

ミーネ洞窟
一直到最深处，BOSS战。胜利后得到レアメタル。注意，胜利后洞窟内不在出现敌人，要收集宝箱就要这个时候去。
入手道具：フルーツシロップ、?MINERAL、辞典、フレッシュシロップ、气付け药、ミスリルメッシュ、スミスハンマー、リキュールボトル、ミーティアライト、特効薬、ライトニングガン、アセラス、ダミードール

アームロック
把レアメタル交给ミラージュ博士，博士着手开始制作反物质武器。得到ファンシティ的通行证N.P.I.D.。在等武器的这段时间里正好去ファンシティ训练一下。在等武器的3天时间里可以进行模拟战。3天后ミラージュ博士送来反物质武器，クロード得到セイクリッドティア，レナ得到ファルンホープ。还有可以让大家武器强化的ヴァイドマター。跟工作人员对话，选择“ナールさんに会いに行く”后会与真正的十贤者交战，要先准备好。十贤者之一的ザフィケル出现，BOSS战，这次他没有开启防护罩时，攻击有效，也可以用即死药嗑死他（实在赢不了的话）。在斗技场门口又出现了十贤者之一的ジョフィケル，之后是BOSS战。胜利后赶快去アームロック救助ミラージュ博士。赶到ミラージュ博士家门口，十贤者之一的メタトロン出现，发生BOSS战。胜利后跟ナール的传话人对话，他让众人到ラクア来。

ラクア
到医务室跟ナール对话。决战前夜会发生爱情度/友情度最高的角色（一般是クロードORレナ）的告白剧情。第二天从ナール那里得到结界の纹章。众人向着最终迷宫フィナール出发。

フィナール
在最终迷宫要与剩下的7位十贤者作战，其中ハニエル和ミカエル的组合非常棘手，ルシフェル则更加厉害。强烈建议准备妥当后再来挑战他们。在入口处将要同时应战十贤者中的3人，BOSS战（サディケル、ラファエル、カマエル）。向上一直爬到5层，SAVE点后又将面对十贤者之中的两人，BOSS战。第6层要通过不断的开门开启动4个开关，全部打开后就能通向第7层。第7层等着众人的是十贤者之一ルシフェル，BOSS战。继续前进，第9层有SAVE点。在第9层的SAVE点存盘后，去斗技场找一位老爷爷对话即可回到他记忆中エクスペル挑战隐藏迷宫“试练の洞窟”。
来到第11层，终于见到十贤者的最后一位，ガブリエル。最终BOSS战开始（ガブリエル）。经过艰苦的战斗，众人终于取得了胜利。但是ガブリエル却用最后一口气启动了崩坏纹章，レナ立刻发动了结界纹章，但是崩坏却没有停止。这时ナール告诉众人结界 纹章的只不过是把毁灭的力量全部集中在ネーデ而已，也就是说要牺牲ネーデ来拯救整个宇宙！ナール感谢大家所做的一切，并将众人传送到毁灭前的ミロキニア 行星……
入手道具：スパークウィップ、ニュー クリアボム、レフトクロス、?ITEM、リザレクトミスト、ミスリルシールド、纹章学大辞典、ロータスイーター、βボックス、アトミックパ ンチ、シルヴァンブーツ、ミスリル、タイタンフィスト、ルーンシューズ、肢閃刀“昴露”、リキュールボトル、フレッシュシロップ、スパーク、クラップロッ ド、デュエルヘルム、贤者の石、フラッシュポット、アセラス、デュエルスーツ、女神の像、キュアストーン

真•ガブリエル的出现方法（最终BOSS）
方法1：
在第9层的SAVE点存盘后，若在クリク看过フィリア的PA，则回到セントラルシティ会有重要PA，“フィリアの愿い”。完成这个PA后最终BOSSガブリエル将强化为真•ガブリエル。

方法2：
在纹章兵器研究所得到アクセスコード后，就可以解开ノースシティ图书馆内的全部秘密资料。
1.满足全部チサト加入的条件，去跟チサト对话。（这时不让她加入也可以）
2.去ノースシティー的图书馆调查シークレット情报，得知需要密码。
3.去ギヴァウェイ的大学，从学长パレル那里得知レイファス在进行奇怪的研究。
4.在大学里找到レイファス，反复对话得知他想要情报机关的情报。
5.去セントラルシティ找チサト（チサト是同伴的话进行PA，不是的话不用PA），拜托她调查破解ノースシティー的电脑程序的方法。
6.再用上面的方法找チサト，直到得到密码。
7.去ノースシティー的图书馆，输入密码，シークレットファイル启动。
8.得到アクセスコード后，跟レイファス对话，即可解密一部分情报。
9.跟学长パレル对话，得到パンドラボックス。
10.再去找レイファス，开始进行最终解