Stage8　入侵发电所　目标时间：15分钟以下
由于未能直接破坏Metal Gear，阻止它再发射核弹的方法，就只有破坏提供电力的发电所。此时上校通知，将军向政府发出要挟，原来之前发射的只是空弹，但政府若不在3小时内撤走所有人员的话，真正的核弹便会发射到美国其中一个大城市！而根据上校所说，虽只是空弹，但已令中弹的美国中部出现一个大型陨石坑，若是真正的核弹更是不可想像。而此时姬丝正想联络的时候，却遇上敌袭，失去了音讯。
进入了发电所，先向上方前进，利用升降机到B1，到那里发现这层出现积水的问题，而且不少是在机器附近所以漏电，踏上的话会被电晕一阵子。绕过积水及敌兵的监视到了最下方，小心那两个陷阱到了通气口，爬进去到另一个出口，绕过积水及士兵，到了一个小房间，取得ID card Lv4。原路回去乘升降机到2F，绕一圈避开摄影机进入一个布满电脑的房间，由于机器之间布得很密，只能贴墙前进，而且只有一些较阔的地方作转向用。参考地图的路线到左下的门口出去，向右走到尽头进入通气口，爬到另一个出口，先进入房间取得C4及避弹衣（ボディアイァ—マ—），然后原路回去，再在B-4那条路回到电脑房，穿过机器之间到房间左上方，出去取得遥控导弹（ニ—タミサイルゲ），直出会见一个电流地板，此时姬丝会作出通讯，得知占美已落入敌人手中，她开始怪责自己，另外问她得知发电所入面布满电流地板，利用遥控导弹破坏配电箱便可通过，走到电脑房避开敌兵后再乘升降机到1F。
到了1F，先利用摇控弹经电网击毁配电箱（直接由配电箱上方进入，会被监视摄影机击落），然后便向下走到房间尽头进入通气口。先往下方的出口破坏配电箱，然后往上方的出口，避开敌兵到左下方的门，在那里发射遥控导弹，绕过外面到房间内破坏配电箱。破坏电箱后便可进入房间内，从房间的右下方离开，然后向上前进便到了发电机上方的房间，不过在那里遇上了第三个Black Chambersr的成员————Pyro Bison。他说Black Cambers脱离作为影子的时候到了，他要把称为传说的Snack击倒，取代其位置！
Pyro的攻击是其火焰发射器，有扇状喷射及直线喷射，最有效的是在喷火时走到射程外投出手榴弹。当他受到一定的伤后，便会向天空喷火，而脚下出现黑影时跑开便可避开。打倒他之后，从其口中得知Black Chambers一直以Fox hound为目标而战的，然而一直没法得到重视，从而对Fox Hound的成员心存恨意。另外Black Chambers其实不只四人的，但他没有透露第五人的身份，之后便引火自焚。此时CIA的情报员Brian开始质疑这次列为最高机密的行动，为何会被Gilif得知并作出相应行动，他认为当中必有间谍，众人半信半疑之下发生了争执，上校以任务为先阻止了争执。

Stage 9炸毁发电所 目标时间：8分钟以下
由于无法联络姬丝，间谍的事仍是个谜团。接下来的便是把发电所炸毁，先往左方的门出去到升降机往B1，然后经通风口避开中间的毒气室，沿右面往上走便找到发电机，据上校的情报在发电机四周的结构柱是有缺口的，只要在那里放置C4，再同时引爆便可。第一条柱在升降机旁（柱的位置不变，但缺口的位置是随机的，要留意）。在升降机附近的那条柱装上C4后，找到另外三条柱装上C4便成（位置可参考地图）。装好了炸弹通知上校，本来到离开发电所才引爆的，但此时美铃收到讯号，即是说他们已准备真正的核弹攻击。由于时候无多，所以决定即时引爆，只要在时限内回到发电所的入口便成。
逃出发电所之后，此时从上校处收到消息，将军再次向政府提出要求，他说即使炸毁发电所，Metal Gear也能发射核弹，而时限更因此被减至一小时，即是说要阻止就只有破坏Metal Gear。此时在发电所外遇到占美，他身旁一具尸体，怎看也是个男的，占美说那是助他离开的Delta Force队员史密夫少尉，之前姬丝不是说她是唯一生还的Delta Force吗？那这具尸体又如何解释？此时占美因为看见人死亡而十分害怕，感到要阻止杀戮，于是想说出破坏Metal Gear的方法，怎料扣着他的手铐爆炸，原来是个手铐炸弹，众人只能眼巴巴看着这个胖小子被炸死！可恶，连一个小孩子也不放过！
占美死后，大家都对有两名Delta Force成员感到奇怪，此时Weasel及Brian一口咬定姬丝是间谍，是Black Chambers的第五人，与她接触过的也是半信半疑，因为她实在有着不少谜团，而答案就只能从她身上找到。发电所被毁，美军已乘乱派出F-22轰炸山上的野炮群开路。

Stage 10突破 目标时间：4分钟以下
沿以前的山路前进，同样是小心地雷阵，在野炮阵会取得大量手榴弹，到了山顶时会再遇上战斗直升机的攻击，但坐在里面的不是Viper，而是……姬丝！怎可能会是这样？但为了得知真相，先把直升机击落再算。直升机的攻击有机枪及飞弹，机枪可以利用现场的岩石挡开，而飞弹由于是直线进行，可看着其方向来避开，另外直升机飞过上空时会投下炸弹，看着影子的位置便可避开。基本上当它发射飞弹时，或者机枪的攻击减弱时，便走近投掷手榴弹攻击，掷完的时候地图会出现弹药补充。
击败了直升机后，它