到了B50，目的是取得ID card Lv6前往更深层。首先要越过升降机外面的地雷阵，之后过了数层闸门便到达一处红外线监视器的房间，还有一个监视摄影机，与以前同样是毒气室。戴上热能视镜，观察监视器， 另外利用监视器挡过摄影机，到达左面的房间。房内两名士兵，其中一名只会站着监视两边，留意他监视的方向不难避开，别忘了换回ID card。向上方前进直到另一所红外线监视的房间，戴着热能视镜一直前进到它后面的暗房，向上走炸开墙壁到左边的门利用办公桌避过士兵到暗房的上方，炸开右面两道墙到门口，若用尽C4的话，便先往上取得C4再前进。从房间的下方再到暗房，炸掉左面的墙向下走再炸开墙便可离开暗房，那里有一个布了电流地板的房间，用Nikita破坏配电箱后便取得ID card LV6。

　　取得ID card后先往右下方走，跟着进入左面的房间避开敌兵，然后经下方红外线监视的房间到左面尽头的升降机往B99。到了B99以后取得军粮，然后回去B99，取得B99的所有物品后，由右面的升降机再到B99，取得当中的物品后便往左面的独立升降机到B100。到了B100，往左面调查的时候，，竟发现了七年前留下的东西——第一台Metal gear!想不到其残骸一直存放于这里。既是说这七年来Outer Heaven其实没有改变过。

再往右方的通路走到达了存放新型Metal Gear的储存库，此时地面一阵震动，得知Metal Gear刚离开了储存库。取了路尽头的物品后便进入右面的房间，虽然仍未接近Metal Gear，但一个人已在这里等待着——Black Arts Viper。这个Black Chambers的头目，他说Black Chambers 一直是Fox-Hound的影子，Fox-Hound要毁灭Metal Gear，而他们则是为CIA救Metal Gear！为了让众人名扬天下，因此要超越被称为最强的Fox-Hound。此时他把在手中的姬丝带出来，见她仍然生存，表示了迷题仍有机会解开。而Viper让她出来的目的，是要她看看“传说中的英雄”的下场……

　　Viper的攻击方式有二种：一是在场中拉起爆炸索，另一个则是随机出现于地板的炸弹。前者可以伏下爬过，后者则是出现的时候（地板会闪动）走开，Viper每次中枪后会改变爆炸索位置，留意爆炸索的位置爬过，再找出Viper的位置攻击，通常他会是在对角的位置出现，利用R5 便成。

Stage12　破坏Metal Gear　目标时间：6分钟以下

　　击倒了viper之后，他说要同归于尽，而引爆房间里的炸弹，于是立即救出姬丝一同离开。而她的真正身份亦揭露了，其实她是陆军参谋长柏加派来，暗杀将军及消灭一切关于“Project Babel”的证据。虽然未能证实，但也没有令人怀疑之处，于是着令她尽快离开要塞。从房间出来是一台大型升降机，收集那里的物品后往上方走，收集路上的所有弹药，到了路尽头的时候，突然一片光亮，一台巨物出现在眼前，那正是这次行动的目标——Metal Gear Gander!而上面站着一个人影，是将军！将军说，一切都在掌握之中，包括Black Chambers，陆军参谋长派姬丝来都是被他利用的。决胜负的时候终于来临了，他开动了Metal Gear，向着这边移动过来！

　　要阻止Metal Gear前进，自然是破坏其双脚，本来以对付一台战车来说，地雷是最适合不过的，不过对付Metal Gear这步行战车，使用地雷确是有一定的困难，因此改用C4作战。首先留意其双脚的影子，当影子停下来时便设下C4，踏下时引爆便成，大约７至８各个便会将其双脚破坏。由于爆炸令眼前一片朦胧，，众人以为Metal Gear已被破坏，然而视野清晰之后，发现其上身仍能运作！

　　Metal Gear的上身，有三组地方可以作出攻击，包括最头部两侧的机枪，头顶的两座炮台，以及背部的导弹舱。基本上利用手榴弹，集中于攻击机枪便成，较佳的作法是在机枪的正前投掷，不但能截住机枪的攻击，也较易避开炮台的攻击，而浮于半空中的无人攻击机WISP出现时，则利用chaff gernade令它们麻痹．另外留意场中的声音，背部导弹舱发射时便会响起巨大声响，先走到下方的空地，把导弹引到下方，再向上走避开，此时也可用Nikita攻击导弹库。当Metal Gear受到一定的破坏后，这四种攻击会全部停止，改由腰部的火焰发射器攻击，一边避开火焰，一边向发射舱投手榴弹便可将Metal Gear击毁！

　　将军败了，在死前他说出了Outer Heaven、Metal Gear、Gilif，以及[Project Babel]与美国的关系。Outer Heaven是美国政府暗中援助的要塞国家，作为佣兵的派遣公司，非正式地提供反美的军事力量。而负责的竟是当时的DDCI。当年Big Boss如政府所料无法控制，因此美国将Outer Heaven推翻，为了掩饰而把当时的工作员称为英雄。而其后两者关系因为[Project Bable]而继续，Outer Heaven成了现在的Gilif，负责人便是将军本人，借此让非洲出现反美势力，加上内战，美国为首的维和部队便有理由进驻。这种利用可控制的混乱，令冷战后出现的混乱形势得以持续，以保持美国处于世界警察地位的计划，便是[Project Bable]，负责人正是陆军参谋长。他把一切的证据放进了磁碟内，作为自保之用，这也是姬丝任务的目标。最后留下了对一切理想的冷嘲，以及