海神的公会系统与通常网络游戏中的有所区别，玩家一旦加入某个组织，他自身的属性和任务也随着发生变化，而不是简单地与其他玩家在同一组织共同游戏。在海神中，玩家选择加入组织的同时，也决定了自己所效忠的阵营和主要的游戏方式。通常网络游戏中的公会概念，在海神中被充实成为了海军、海盗、炼金师公会、商会四种不同的组织形式，玩家则可以选择扮演这四种完全不同的阵营中的成员，当然这样做的前提是，自己的职业符合加入这四种组织之一的条件，也就是说，在玩家选择职业的同时，也就决定了自己的公会选择范围，这四种类型的公会都会向玩家提供专门的任务。

海军： 每个有独立政权的国家都有自己的海军组织，符合职业需求（战士、野蛮人）的玩家可以选择加入，但玩家只能加入自己所属国家的海军，如果想加入其他国家的海军，则必须先转换国籍并同时丧失以往获得的荣誉级别。

海盗： 只有战士和野蛮人可以加入海盗，这跟海军的需求是相同的，但加入海盗就要放弃自己的国籍和荣誉称号，玩家可以在海盗势力的要塞选择落草，而已经是海盗的玩家可以转会到其他海盗势力。海盗和海军都是依靠要塞的增加来扩大政治势力范围的。

炼金师公会： 只有炼金师能够加入，这个组织的成员都从事魔法合成的工作，玩家在进行魔法物品合成时，需要在自己所属公会的炼金房进行。

商会： 只有商人可以加入。商会和炼金师公会都是通过投资的方式来扩大自身的势力范围，在不同的商会或者炼金师公会之间转会，需要付出一定的金钱。

　　 不论玩家加入了以上哪一种组织，都需要为了组织的共同目标努力，也就是尽量扩大组织的势力范围。海军和海盗以战斗和占领的方式扩大自己的地盘，而商会和炼金师公会则是通过资金。无论是军事的形式还是经济的形式，都是通过每一个玩家的努力来实现的，而势力范围扩大的结果，会使每个在这个组织的玩家都得到好处。据点的增加会更有利于任务的交接，商业活动也更加方便，物价上会有一些折扣，当玩家独占某一港口时，买卖中会有更好的收益。